Para el año 1810 había aparecido otra logia llamada también Logia Independencia, cuyo Venerable Maestro era Julián Álvarez, y sobre la cual no existen precisiones si habría sido una continuación de la logia homónima o una logia totalmente nueva.
Esta segunda Logia Independencia dirigida por Álvarez es la que suministró los primeros hombres y rituales para la conformación de la Logia Lautaro de Buenos Aires, la primera de tan alta importancia y gravitación en los movimientos libertarios del territorio de las Provincias Unidas del Río de la Plata.

            El historiador Juan Canter de Rocamora ha sugerido que la Logia Independencia jamás habría existido. Sin embargo Alcibíades Lappas refutó a Juan Canter y sostuvo que: "contrariamente a las afirmaciones contundentes de algunos eruditos historiadores, hemos podido comprobar como cierta la existencia en Buenos Aires de una logia denominada INDEPENDENCIA, fundada a finales del siglo XVIII y que obtuvo Carta Constitutiva de la Grande Loge Generale Ecossaise de France, cuerpo este que fue absorbido el 8 de enero de 1805 por el Gran Oriente de Francia, quedando la antes mencionada Logia en libertad de acción sobre su futuro."

            Y aún cuando nadie pondría en duda la buena fé de los historiadores, en todo lo referido a Masonería existe una gran dificultad para conseguir documentos y narraciones fehacientes.
La misma naturaleza de estas sociedades cerradas, hace que generalmente dichos documentos no salgan a la luz pública, a lo que debemos sumarle las acciones represivas que distintos movimientos políticos y gobiernos, han ejercido sobre aquellas organizaciones que manifiestan algún tipo de ejercicio del librepensamiento.
A este respecto, el mismo Miguel Morayta Sagrario, afirmaba:
"La historia interna de la masonería [...] no se ha escrito aún y seguramente no se escribirá nunca; faltan y faltarán siempre los documentos del caso necesario. Durante muchos años las logias no extendieron actas de sus tenidas, ni firmaron siquiera expedientes de iniciación, se hacía indispensable no dejar rastros de sus actos. ¿Cómo, sin existir archivos narrar las vicisitudes de la Orden? Mas hacedero, si bien no del todo fácil, es historiar sus manifestaciones externas, sus actos públicos, es decir, sus trabajos intentados o cumplidos en el mundo profano".

            Hablando de la posible preexistencia de logias anteriores a Logia Independencia, el autor Efraín Oscar Schmied, en su libro Masonería Universal (p.77), cita lo siguiente:
"En 1804 existía en el Virreynato una logia llamada San Juan de Jerusalen, fundada por Juan Silva Cordeiro, a quien secundaban algunos nombres que participarían en la Logia Lautaro y otros que eran miembros del Gobierno de Sobremonte. En una época en que la masonería estaba prohibida, un hecho fortuito hizo que el Virrey se enterara de estas actividades y levantara un sumario secreto para dar a luz la existencia de la logia. Sin embargo Cordeiro, junto con dos hermanos llamados Gómez y Vallejos, le regalaron a la esposa de Sobremonte las alhajas y joyas de la logia, rogándole que las luciera el día de San Juan Nepomuceno. Tres días después el Virrey en persona suspendía los autos y devolvía los elementos rituales."

            En 1932 Miguel Valencia había sido redactor de El Telégrafo comercial, pero debido a la persecución del rosismo, tuvo que huir a Brasil, donde dictó clases en la Facultad de Derecho de Río de Janeiro y trabajó también como periodista. Luego de la Batalla de Caseros fue miembro de la judicadura y dictó clases en la facultad de Derecho de la ciudad de Buenos Aires. A partir de 1853 formó parte del Senado bonaerense en la fracción anti-urquicista. Las crónicas de la época lo describen como un fogoso orador.

            Había sido iniciado en la masonería por Julián Álvarez en la segunda Logia Independencia, y había militado en la masonería chilena y en la del Brasil, formando parte activa de la Logia capitular Regeneración, de Niterói.

            A principios de 1857, y a causa de sus fuertes diferencias con Roque Pérez, creó el denominado Gran Oriente de la Confederación Argentina, pero logró pocos adeptos, ya que la mayoría de los masones del territorio no querían una masonería unitaria. Antes de finalizar el año, Pérez se había reunido con las tres logias que reconocían la autoridad del doctor Valencia, y las convenció de plegarse a su movimiento. Valencia se quedó solo.

            Con las logias que lo acompañaron en todo momento, sumadas a las que habían adherido en última instancia, José Roque Pérez fundó la primera Gran Logia. La nueva Gran Logia encolumnó tras de sí a diversas logias tanto de Buenos Aires como del interior del país. El 11 de diciembre de 1857 firmaron el pacto de unión las logias “Unión del Plata”, “Tolerancia” , “Regeneración”, “Constancia”, “Lealtad”, “Confraternidad Argentina” y “Consuelo del Infortunio”, quedando como Gran Maestre del rito, el jurista y diplomático cordobés José Roque Pérez.

            Ya sobre la cuarta década del siglo XX, existían en la Francmasonería argentina dos organizaciones principales: la “Gran Logia Argentina del Rito Escocés Antiguo y Aceptado” y la “Gran Logia Nacional Argentina”, aunque además de ellas funcionaban una Filial Hispano Argentina del G.O.E. y la “Gran Logia Provincial de Santa Fe”.

            Hacia 1932 las logias de la Gran Logia Nacional ingresaron en la Gran Logia Argentina del REAA, y a finales de ese año, mediante el llamado “Pacto de Unión”, también lo harían las logias de obediencia española.  Pero el pacto iba a durar poco ya que dos años después, varias logias republicanas, junto varias otras logias italianas adogmáticas, se retiran de la Obediencia creando la Gran Logia Federal Argentina, que luego iba a llamarse Gran Oriente Federal Argentino (GOFA). En 1957 se reunifica el REAA al fusionarse el GOFA con la Gran Logia histórica.

El Rito en la actualidad

            Debido principalmente a desavenencias dentro de la Gran Logia de la Argentina de Libres y Aceptados Masones, y a ciertos desacuerdos surgidos respecto a los conceptos de regularidad y de dogmatismo, con el paso de los años continuaron apareciendo otras Obediencias que trabajan en el Rito Escocés Antiguo y Aceptado.

            Podemos destacar hoy, el Gran Oriente Federal de la República Argentina, con sede en Mendoza, y la Gran Logia Simbólica Argentina con sede en Córdoba. Existe también un llamado Alto Consejo Masónico de Argentina, en frontal oposición al Supremo Consejo que acompaña a la Gran Logia histórica y jurisdiccionado a la Gran Logia Regular de Inglaterra.

            Respecto a la Obediencia femenina, en el año 1997 se había establecido en Buenos Aires la primera logia compuesta solo por mujeres, bajo el nombre de Tres Rosas. En el año 2000 fundaron la logia Aurora del Plata, y en 2002 la logia Cibeles, con la que finalmente pudieron crear la Gran Logia Femenina en julio de ese año.

            La Gran Logia Simbólica Argentina, es una Obediencia mixta y adogmática, que acepta de buen grado las logias que decidan ser solamente masculinas o femeninas. Se reconoce como masones a todos los hermanos del sexo que fueren, que habiendo sido debidamente iniciados, mantengan una conducta moral intachable, y sean humanos libres y de buenas costumbres.